لعل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية هي واحدة من أقدم كنائس العالم، إذ تأسست في القرن الأول الميلادي، مع دخول مرقس الرسول إلى الإسكندرية نحو عام 45 ميلادية، ولكن المقر البابوي تغير عدة مرات، بدءًا من الكنيسة الأولى التي أقيمت بالإسكندرية في بيت إينيانوس أول مسيحيي مصر وثاني بطاركة الأقباط الأرثوذوكس (باعتبار أن مرقس أولهم)، انتهاءً بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية، وهناك حديث عن احتمالية نقل المقر مرة أخرى إلى كاتدرائية ميلاد المسيح بالعاصمة الإدارية الجديدة، إلا أنه لا يوجد تصريح رسمي يؤكد هذا أو ينفيه .
استمر مقر البطريركية في الإسكندرية متنقلًا من كنيسة إلى أخرى حتى انتقل إلى القاهرة، بسبب تعاظم دور تلك المدينة وتحولها إلى عاصمة للبلاد ومركز للحكم. وحتى اليوم، لا زال البطريرك المصري يسمى ببابا الإسكندرية، رغم أنه ترك الإسكندرية منذ نحو عشرة قرون.
الكنيسة المرقسية بالإسكندرية
يعتقد الأقباط الأرثوذوكس أن هذه الكنيسة مبنية في الموضع الي كان يوجد فيه بيت إينيانوس، وبذلك فهي الكنيسة الأولى في أفريقيا، وإن كانت طائفة الروم الأرثوذوكس ترى أن بيت إينيانوس كان يقع في مكان مقر بطريركيتهم في منطقة الرمل.
أول صلاة أقيمت في هذه الكنيسة كانت عام 62 ميلادية، وكانت تسمى دير أسفل الأرض، على اعتبار أن أراضي الإسكندرية منخفضة بالنسبة لأراضي الصعيد.
هدمت الكنيسة وأعيد بناؤها عدة مرات، أما المبنى الحالي فقد بني في عهد البابا يوساب الثاني عام 1952، ثم تم توسيعه عام 1990.
هناك اعتقاد سائد بأن الكنيسة المرقسية كانت المقر البطريركي الوحيد في الإسكندرية، إلا أن بحثا حديثا غير منشور للقمص يوسف تادرس الحومي وجد أن المقر البطريركي تنقل بين عشر كنائس في الإسكندرية، جميعها اندثرت ولم يتبق سوى هذه الكنيسة.
المكان: شارع النبي دانيال - الإسكندرية.
المدة: غير معلومة بدقة.
الكنيسة المعلقة
عام 1047، وفي عهد البابا خريستوذولوس، البابا السادس والستين، تم نقل المقر البابوي من الإسكندرية إلى القاهرة، وتحديدا إلى الكنيسة المعلقة بمصر القديمة.
هذه الكنيسة هي أقدم الكنائس التي لا تزال قائمة في مصر، وقد سميت بالمعلقة لأنه بنيت على برجين من أبراج حصن بابليون الروماني. أسفل الكنيسة مكان يعتقد أن العائلة المقدسة اختبأت به أثناء وجودها في مصر.
كان البابا خريستوذولوس قد بنى أيضا كنيسة فخمة في دمنهور ونقل إليها المقر البابوي لفترة، وبنى قصرا لإقامته نقش على بابه البسملة المسيحية، فاعتبر الناس ذلك إهانة للإسلام ووشوا به إلى محمد اليازوري وزير الخليفة في مصر، فألزمه بمحو البسملة وأرسل من يهدم ما بنى من كنائس.
الكنيسة المعلقة مبنية على الطراز البازيليكي، وقد أضيف إليها دور علوي عام 1100 ليكون مقرا للبطريرك.
المكان: 5 شارع مارجرجس، مصر القديمة.
المدة: من 1047 إلى 1300.
كنيسة مرقوريوس أبي سيفين
بنيت هذه الكنيسة على الأرجح في القرن السادس الميلادي. فيما بعد هدمت وتحولت إلى مخزن لقصب السكر، ثم سمح ببنائها مرة أخرى في القرن العاشر. في القرن الثاني عشر نهبت وأحرقت ثم أعيد بناؤها مرة أخرى.
استخدمت الكنيسة كمقر بابوي منذ منتصف القرن الثاني عشر وحتى 1300 تقريبا، والأرجح أن البطاركة سكنوها بالتناوب – أو في نفس الوقت – مع الكنيسة المعلقة.
الكنيسة تقع ضمن مجمع يضم ثلاث كنائس، هي العذراء الدمشرية، والأنبا شنودة رئيس المتوحدين، وهذه الكنيسة. الكنيسة مبنية على الطراز البازيليكي، ويوجد بها سرداب كان يعيش به القديس برسوم العريان في نحو القرن الرابع عشر.
المكان: شارع جامع عمرو بن العاص، مصر القديمة.
المدة: منتصف القرن الثاني عشر وحتى 1300.
كنيسة العذراء بحارة زويلة
تعرف أيضا بكنيسة العذراء حالة الحديد. بنيت الكنيسة فوق بئر يعتقد أن العائلة المقدسة شربت منه عندما كانت في مصر. تعود الكنيسة إلى القرن الرابع الميلادي، إلا أنها تعرضت للهدم وإعادة البناء والترميم عدة مرات عبر القرون.
المكان: شارع بورسعيد، حي الجمالية
المدة: من 1300 إلى 1660
كنيسة العذراء المغيثة بحارة الروم
أنشئت هذه الكنيسة في القرن السادس الميلادي، وقد انتقل إليها الكرسي البابوي في القرن السابع عشر، منذ البابا تتاؤس الرابع البابا رقم 102، إلى البابا مرقس الثامن رقم 107.
المكان: حارة الروم، الغورية.
المدة: 1660 - 1799
الكنيسة المرقسية بالأزبكية
أنشأها المعلم إبراهيم الجوهري، وهو من الشخصيات الشهيرة في تاريخ الكنيسة القبطية، وقد استطاع الحصول على ترخيص ببناء الكنيسة عن طريق وساطة إحدى الأميرات التركيات. قام البابا كيرلس الرابع بهدم الكنيسة القديمة ووضع أساس كنيسة أخرى أكبر مكانها في 1858، إلا أن بناءها استغرق وقتا طويلا جدا. تم ترميم الكنيسة في عهد البابا كيرلس السادس.
المكان: شارع الكنيسة المرقسية، الأزبكية.
المدة: من سنة 1799 إلى 1968.
الكاتدرائية المرقسية بالعباسية
بنيت هذه الكاتدرائية مكان مجموعة من المقابر الأثرية هي مقابر الأنبا رويس، وقد تم هدم كنيسة قديمة باسم السيدة العذراء كانت توجد مكان السلالم الحالية للكاتدرائية.
كانت أرض هذه المدافن موضع نزاع بين الكنيسة والحكومة ممثلة في وزارة الداخلية، والتي رغبت في نزع ملكية الأرض، منذ عام 1937.
في 25 يونيو 1968 تم افتتاح الكاتدرائية بحضور الرئيس جمال عبد الناصر والإمبراطور الحبشي هيلاسلاسي وممثلين عن باقي الكنائس.
المكان: شارع رمسيس، العباسية.
المدة: من 1968 إلى الآن.